La UNIBOL Guaraní y Pueblos de Tierras Bajas “Apiaguaiki Tüpa” se maneja bajo un sistema de internado, con el apoyo de un equipo multidisciplinario compuesto por un administrador, un médico, enfermera, psicóloga, regente, cocineras y porteros que brindan servicios asistenciales de albergue: en el cual los estudiantes comparten habitaciones. Así mismo los estudiantes se benefician de una variedad de alimentos en el comedor universitario. Además cuenta con los servicios de atención médica y psicológica.
Para la convivencia armónica entre todos los estudiantes se tiene una dinámica de funcionamiento enmarcada en el reglamento de residencia universitaria, donde los estudiantes tienen derechos, deberes y también obligaciones que cumplir, tomando en cuenta la característica intercultural, comunitaria y plurilingüe de la Universidad.